木瓜和番木瓜的区别在于番木瓜属于番木瓜科，木瓜属于蔷薇科植物。木瓜本属植物有木瓜（木瓜海棠）、贴梗海棠（皱皮木瓜）等，木瓜的果实可可供食用、药用，同时花色美丽，也供观赏。
与木瓜有较大区别的是热带水果番木瓜，番木瓜是世界3大草本果树之一，是人们喜爱吃的肉质清香且四季上市的热带鲜果。番木瓜原产美洲的墨西哥南部，17世纪初引入。木瓜果皮光滑美观，果肉厚实、甜美可口，有“百益之果”、“水果之皇”、“万寿瓜”之雅称。
番木瓜和木瓜在营养上也是有区别的，番木瓜相对于一般木瓜而言，药用价值较高。富含木瓜酶，适合加工成各种化妆品、护肤品、食品、原料。一般的水果木瓜，作为水果食用，木瓜酶含量较低。
木瓜和番木瓜用途不同，木瓜果实经蒸煮后作成蜜饯；又可供药用，但木瓜的药效甚微，由于药用效果差，国家药检局于2003年下文，禁止药用。花可为糖制酱的作料，风味很美。番木瓜生食或熟食，或切片，晒干备用。此外，番木瓜果实可加工制成木瓜糖、果酱、果脯及罐头。
番木瓜和木瓜在药用价值上也是有区别的，番木瓜碱可引起家兔血压下降，对离体蛙心、兔心引起扩张期停止，使蛙后肢血管收缩，兔耳壳、肾脏、小肠及冠状血管舒张。木瓜富有化合物，也有作用，对于患骨质疏松症、关节炎和浮肿的人，有规律地食用木瓜，同时能够。