什么是益生元，什么是益生菌，益生元与益生菌有什么区别？益生元是指不易被消化的食品成分，通过选择性的刺激一种或几种的生长与活性而对寄主产生有益的影响，从而改善寄主健康的物质。
益生元与益生菌都会影响肠道菌群的平衡，关键的区别在于：益生元作用于本已存在与肠内的菌群，而益生菌是外部添加的。益生元作为模拟母乳中的低聚糖，以未经消化的形式进入胃肠道，通过降低PH值，促进双歧杆菌等有益菌的生长，间接地促进胃肠道健康和营养素的吸收。
益生菌是外源，和益生元的区别是作用更直接。但是，它有较明显的针对性，即针对不同的病因及体质，添加不同的菌种，如双歧杆菌对胃肠道疾病有显著功效等。在胃部强酸性的环境下，外来的存活性会受到考验，因为只有活着进入胃肠道的有益菌才能发挥功效，有的益生菌株不能经受胃酸和肠液的腐蚀，而益生元不是生物，不存在存活率的问题。
免疫系统对于由外部而来的益生菌有识别的过程，当外部直接添加益生菌时，不同体质的人体可能会产生不同的反应。补充“益生菌”的思路是直接吃进活的，类似于空投一些“好”来抑制“坏”。而补充“益生元”的思路则是，通过提供有益喜欢的食物来扶持它们，从而压制有害。